Program Mléko do škol běží v ČR od druhé poloviny 90. let 20. století, přičemž v září 1999 do projektu vstoupil stát a od března 2001 tento program administruje Státní zemědělský intervenční fond. Program pokračuje i po vstupu ČR do EU v roce 2004, ale byl přizpůsoben novým předpisům. Evropská komise tak např. v roce 2008 rozšířila výše zmíněný program o další podporované mléčné výrobky (ochucené kysané mléčné výrobky, neochucené a ochucené čerstvé a tavené sýry atd.). V současné době je program dotován Českou republikou a fondy Evropské unie.

Projekt podporuje děti v konzumaci mléčných výrobků a zdravém stravování. Spolu s projektem Ovoce a zelenina do škol se tak snaží posílit zdraví našich dětí a jejich správné stravovací návyky.